Các hóa thạch của người Bắc Kinh từng được lưu giữ tại Viện Y học Hiệp hòa Bắc Kinh. Những người tận mắt chứng kiến nói rằng vào năm 1941, khi Bắc Kinh đang dưới sự chiếm đóng của người Nhật, ngay trước khi nổ ra chiến sự giữa Nhật Bản và lực lượng Đồng minh trong Thế chiến 2 thì các hóa thạch đã được đóng vào 2 thùng to và được đưa lên xe quân sự của Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ khởi hành đến cảng Tần Hoàng Đảo ở miền bắc Trung Quốc, gần với căn cứ hải quân tại trại Holcomb. Từ đây chúng được chuyển bằng tàu thủy tới Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Hoa Kỳ ở New York, nhưng các hóa thạch đã biến mất trên đường đi[20].

Nhiều cố gắng các loại đã được thực hiện để xác định xem các hóa thạch này ở đâu, nhưng đều không thu được kết quả gì. Năm 1972 một nhà tài chính người Mỹ là Christopher Janus đã treo thưởng $5.000 cho các hộp sọ bị thất lạc này; một phụ nữ đã liên lạc với ông và đề nghị số tiền $500.000,nhưng sau đó người này cũng mất tăm[21]. Tháng 7 năm 2005, trùng với lễ kỷ niệm 60 năm ngày kết thúc Thế chiến 2, chính quyền Trung Quốc đã thành lập một ủy ban để tìm kiếm những chiếc xương này.

Các thuyết về số phận của những chiếc xương này như từ cho rằng chúng từng ở trên boong tàu Nhật Bản Awa Maru hay tàu Hoa Kỳ nhưng đã bị chìm, cho tới cho rằng chúng đã bị nghiền nhỏ để dùng trong y học truyền thống Trung Hoa[20]. Tuy nhiên, 4 chiếc răng vẫn còn thuộc sở hữu của Bảo tàng Cổ sinh vật học Đại học Uppsala [22].